Одним из перспективных направлений научных исследований является моделирование постоянно изменяющихся и развивающихся во времени дискретно-непрерывных структур. К числу самых сложных структур такого типа относятся экосистемы, включающие динамически изменяемое множество территориально распределенных активных, постоянно взаимодействующих друг с другом агентов и пассивных объектов. Основными задачами исследований таких систем являются прогноз развития экосистем, а также анализ результатов различного типа внешних воздействий. Большое разнообразие типов объектов и субъектов социальных систем, их внутренних процессов, а также способов взаимодействия субъектов предъявляет особые требования к языкам и средствам моделирования таких систем. Работа посвящена сравнительному анализу программных сред MATLAB.Stateflow/Simulink и AnyDynamics с точки зрения возможностей их использования для построения моделей социальных территориально распределенных систем. В качестве обязательных требований к инструментальным средствам рассматривается возможность определения модели взаимодействующих гибридных автоматов, основанной на задании графов переходов между состояниями объектов и непрерывных процессов в каждом из состояний. В основу сравнения пакетов положены расширенные требования стандарта CSSL. Показано, что AnyDynamics превосходит совокупность пакетов MATLAB.Stateflow/Simulink по большинству анализируемых параметров, таких как: возможности снижения индекса (порядка) ДАУ, динамическое изменение структуры системы, многокомпонентная сборка модели, начальная генерация больших множеств различных классов агентов и объектов, простое моделирование процессов общения между агентами, использование русскоязычных терминов, а также стоимость лицензии.