Рассматриваются проблемы методологии исследования процесса перехода от линейной к нелинейной мо- дели высшего образования. Главная среди них - основные методологические и междисциплинарные подходы к изучению этого процесса. В качестве таковых - институциональный, системный, сетевой, общностный, ресурсный, пространственно-временной. Автор считает целесообразной их интеграцию. Предлагается общая трактовка линейной и нелинейной моделей высшего образования в России через определение их основных черт и признаков. Целью анализа является разработка такой методологии исследования трансформационных процессов в высшем образовании, которая была бы адекватна характеристикам его нелинейной модели, ее содержанию и особенностям. Каждый из названных выше подходов характеризуется под углом зрения его использования для выявления возможностей перехода современного российского высшего образования от его линейной к нелинейной траектории развития.