В статье проанализированы изменения профиля организационной культуры усреднённого российского университета за последние 13 лет (2003-2016 гг.). Исследовательскую базу статьи составили материалы опросов, проведённых авторами в 2003-2005 и в 2016 гг. Показано, что в деятельности российской высшей школы в течение исследуемого интервала времени происходило нарастание существенных отклонений организационной культуры университета от планируемого состояния. Модернизационные процессы в высшей школе сформировали адаптационные реакции университетов, отличающиеся от тех, что предполагались при проектировании новых институтов развития. Данные исследования позволяют выявить разрывы между ожиданиями по направлениям модернизации организационной культуры вузов и реальными трендами, включая рост бюрократической составляющей и сокращение автономии и самостоятельности академического персонала, усиление неравновесности в корпоративных ценностях университетских сообществ, создающее новые риски и угрозы для развития высшей школы. Установлено влияние на культурные установки сотрудников вузов таких факторов, как тип университета, должностной статус респондентов, профиль преподаваемых дисциплин. Новизна работы состоит в анализе динамики изменений организационной культуры вузов в условиях модернизации высшей школы, а также в выявлении более сложных механизмов её формирования и развития, не позволяющих применять простые линейные решения при формировании современной культуры университета.