Середина XIX в. стала для Российской империи отправной точкой к завоеванию Кокандского ханства и Бухарского эмирата, а также окончательному закреплению в регионе путем создания на присоединенных территориях в 1867 г. Туркестанского генерал-губернаторства. Поражение Российской империи в Крымской войне вынудило правительство принять более решительные меры по присоединению Коканда и Бухары путем широкомасштабной военной кампании. Однако необходимость закрепиться в регионе в кратчайшие сроки требовала от командования новых стратегических решений и сотрудничества с представителями местной знати, купечества и духовенства. Статья призвана существенно восполнить историографический пробел в изучении сотрудничества российского командования и мусульманского духовенства в процессе присоединения Средней Азии на основе анализа неопубликованных источников, извлеченных из Государственного архива Оренбургской области. В статье рассматриваются примеры сотрудничества командования с представителями знати, купечества и духовенства, их влияние на возможное мирное урегулирование конфликта или его эскалацию, в том числе проблема коллаборационизма и шпионажа в мусульманской среде, необходимость сотрудничества с русской армией. Выводы статьи позволяют пересмотреть традиционные взгляды на позиции исламских лидеров и значение религиозного фактора как одного из важнейших элементов системы противостояния азиатских ханств и России.