В данной статье обоснован научно-методический подход к проектированию архитектуры процессов развития инноваций в цифровой экосистеме региона. Рассматриваемая авторами проблема решается организацией и систематизацией процессов управления на всех уровнях взаимодействия. Представлена архитектура управления процессами развития и внедрения инноваций в цифровой экосистеме региона, дано математическое описание уровней и элементов, формирующих его целевую направленность. Целью работы является применение архитектурного подхода к формированию целевых показателей для анализа инновационной активности агентов взаимодействия в инновационной среде региона, а также для выявления признаков и требований к структурному описанию инновационной среды региона как среды развития современных цифровых производственных технологий по базовым направлениям в трех организационных измерениях - «проектировании», «производстве», «управлении предприятием». В результате исследования авторами было выделено 15 управленческих систем, которые необходимо реализовать российским предприятиям для решения задач развития инноваций на уровне регионального, российского и международного превосходства. Предложенная авторами двухуровневая архитектурная модель проектирования региональной инновационной среды как экосистемы будет решать комплекс вопросов управления, принимать на основе собранных, обработанных и извлеченных данных обоснованные управленческие решения о развитии и реализации инвестиционных программ и целевых проектов развития.