В статье рассматривается практический потенциал реализации метода организационного моделирования для оптимизации управления таможенной деятельностью в новых экономических условиях. В Российской Федерации наиболее активной формой становления государственно-частного партнерства являются особые экономические зоны (ОЭЗ), управление которыми напрямую связано с эффективностью регионального управления в целом. Управление таможенной деятельностью должно встроиться в управление такой зоной как элемент этой структуры. Авторы статьи ставили перед собой задачу разработки и реализации проекта перепроектирования деятельности таможенного поста в условиях институциональной динамики правового и экономического поля. Практика применения метода организационного моделирования в таможенном управлении не изучена. Современная управленческая литература дает возможность применения данного метода для перепроектирования деятельности организации в динамичной среде. Реструктуризация является только первым этапом процесса построения новой организационной «архитектуры» переходной модели. Проведение функционального анализа и выделение новых функциональных единиц в бизнес-процессах позволили сформировать новые связи внутри таможенного поста. Рассматривая управление таможенной деятельностью как часть системы управления особой экономической зоной, авторы выстраивают новую «архитектуру» коммуникаций со всеми субъектами управления. Реализация проекта по оптимизации управления таможенной деятельностью позволила рационализировать управление особой экономической зоной в целом, что выразилось в существенном экономическом эффекте.