В статье поставлена и решена задача анализа инструмента адаптации стратегии управления медицинским учреждением к разрешению проблемной эпидемиологической ситуации с позиции системного мышления. Для этого предложен пакет концептуальных моделей проблемной ситуации; представлены ее ожидаемые и неожиданный варианты; приведены математические модели управления в общем (стратегическом) и в адаптивном (тактическом) вариантах; отмечена особая роль корпоративной культуры персонала в стратегии управления медицинским учреждением при неожиданной эпидемиологической ситуации; рассмотрены составляющие критериев качества и управленческих ресурсов; представлен релевантный опыт многопрофильного клинического медицинского центра «БОНУМ», г. Екатеринбург; оговорен научный задел, необходимый для управления разрешением проблемных ситуаций в медицинском учреждении.