Неизбежным эффектом политики последних двух десятилетий в области высшего образования в Российской Федерации стало, с одной стороны, появление новых университетов-лидеров, в том числе за пределами Москвы и Санкт-Петербурга, с другой - усиление вертикальной дифференциации системы высшего образования. При этом неоднородность образовательных мощностей имеет выраженный региональный аспект, что оказывает значительное отсроченное влияние на ресурсы социально-экономического развития в регионах. Разница в потенциале университетов повлияла на возможности адаптации образовательных, научных и управленческих процессов к условиям пандемии, соответственно увеличился разрыв в качестве образовательного и исследовательского результата между вузами. В отдельных регионах может возрасти отток талантливой молодежи в ведущие и даже просто в столичные вузы, и результатом будут ограничения на перспективы социально-экономического развития субъектов РФ. Пандемия послужила катализатором обсуждений данной проблемы, продемонстрировала готовность университетов к совместным действиям. Возникли предпосылки для проведения политики, направленной на формирование кооперационной сети вузов и их стейкхолдеров, что позволит сократить межвузовскую дифференциацию, стимулировать трансфер опыта и компетенций вузов внутри системы высшего образования. В статье проанализированы основные характеристики вертикальной дифференциации в секторе высшего образования в РФ, которые сложились на момент возникновения пандемии и способствовали успеху перехода на дистанционные методы обучения в одних университетах и неудаче в других. Рассмотрено влияние карантинных мер и их экономических последствий на вузы разных типов. Обсуждаются направления работы и конкретные меры по расширению кооперации между университетами и вовлечению стейкхолдеров в развитие вузов.