Актуальность исследования обусловлена необходимостью формирования качественной концепции системы управления и прогнозирования социально-экономического развития отраслевого и межотраслевого комплекса региона. Предмет исследования - методы прогнозирования экономической безопасности в условиях неопределенности. Цели работы - рассмотрение и оценка модели динамической интеграции экономической безопасности регионального межотраслевого комплекса в условиях неопределенности на принципах институционального подхода. В работе анализируются векторы структурных изменений в региональном межотраслевом комплексе, который включает добывающую, обрабатывающую и строительные отрасли. Рассмотрена методология прогнозирования влияния цифровой экономики на экономическую безопасность регионального межотраслевого комплекса. Построена новая модель прогнозирования экономической безопасности регионального межотраслевого комплекса, которая может быть применена как инструмент регулирования социально-экономического развития на региональном уровне. Сформирован комплекс ключевых условий для развития институционального механизма обеспечения экономической безопасности региона с точки зрения стабильного функционирования, противостояния влиянию внутренних и внешних угроз и рисков. В свою очередь, институциональная концепция механизма экономической безопасности заключается в постоянном отборе, анализе и оценке суждений о состоянии экономической безопасности региона, страны или хозяйствующего субъекта. Данная задача достигается посредством сравнения многочисленных характеристик экономической деятельности. В статье сделан вывод, что предлагаемый метод прогнозирования с использованием эконометрических моделей позволяет оценивать результаты развития экономической безопасности регионального межотраслевого комплекса и своевременно реагировать на отрицательные показатели эффективности.