Проведен анализ формирования качества сточных вод в районах складирования отвалов руд и пород молибденовых месторождений. Установлено, что подотвальные воды, сформированные на этих отвалах, загрязнены медью, молибденом и железом в концентрациях, значительно превышающих их ПДК. Для улучшения качества стока разрабатываются технологии, связанные с очисткой этих отвалов от легкорастворимых форм металлов-загрязнителей методом кучного выщелачивания. Проведены исследования по выщелачиванию меди и молибдена из окисленных руд Жирекенского месторождения в зависимости от плотности орошения, концентрации серной кислоты, паузы между орошениями и продолжительности процесса. Полученные результаты были обработаны методом Бокса-Уилсона. В результате было получено уравнение регрессии, с помощью которого определены оптимальные режимы процесса. На основании результатов исследований разработана технологическая схема очистки отвалов молибденовых окисленных руд.