Статья носит проблемный характер и посвящена современному состоянию и тенденциям изменения роли вузов в социально-экономическом развитии региона. Экономический кризис, сопровождающийся санкциями западных государств, обострил ситуацию в региональных экономиках, в которых университеты традиционно играли значительную роль как в плане кадрового обеспечения, так и (особенно в последние годы) в плане инновационного развития. Проблема эффективности вузов во взаимодействии с реальным сектором экономики вновь стала во главе в связи с модернизацией высшей школы. В рамках гранта Российского научного фонда «Формирование нелинейной модели российского высшего образования в регионе в условиях экономической и социальной неопределенности» были проведены экспертные опросы руководителей и научно-педагогических работников вузов, в том числе по проблемам взаимодействия университетов с предприятиями региона. По результатам опросов был обнаружен ряд разрывов и ограничений эффективности вузов в этой сфере, обусловленных как инерционностью деятельности университетов, так и противоречиями интересов субъектов социально-экономического развития регионов. В статье выявлены ключевые трудности взаимодействия вузов с предприятиями и предложены решения по их преодолению.