В статье рассмотрены задачи деятельности субъектов инновационной инфраструктуры, предложена экономическая категория «субъект инновационной инфраструктуры», проанализированы подходы зарубежных и отечественных ученых к оценке эффективности инновационной деятельности. На основе системного подхода авторами предложена совокупность комплексных показателей для оценки эффективности деятельности субъектов инновационной инфраструктуры, определена взаимосвязь показателей со стадиями инновационного процесса, обоснованы подходы авторов к предлагаемой оценке эффективности деятельности субъектов инновационной инфраструктуры. Предложенный подход к оценке эффективности деятельности субъектов инновационной инфраструктуры может быть применен в экспертном сообществе для оценки результативности действий государственных структур в области стимулирования инновационной активности и развития инновационной инфраструктуры, и в бизнес среде с целью создания возможностей для преодоления неопределенности, возникающей на пути коммерциализации инноваций.