Статья посвящена вопросам формирования программ развития российских вузов в соответствии с актуальными задачами, которые стоят перед отечественным высшим образованием. Проанализированы программы развития ведущих вузов Российской Федерации, входящих в программу «Проект 5-100», выявлены и проанализированы основные проекты, реализуемые данными университетами. На основе собранных данных и проведенного анализа были сформулированы рекомендации по универсальной части программ развития, в том числе состав основных проектов. Сформулированы подходы к управлению программой на основе инструментов проектного управления, которые позволят проводить комплексную модернизацию всех составляющих направлений деятельности университета. Подходы предусматривают экономическую состоятельность и целостность развития вуза.