Цель исследования - научно обосновать инновационно-синергетическую систему управления образовательным процессом в физкультурном вузе. Методика и организация исследования. При организации и проведении экспериментов (педагогический - естественный, экономический - на мик-роуровне - «научная организация труда, производства и управления») выделялись этапы: теоретический (постановка проблемы, определение цели, объекта и предмета исследования, его задач и гипотез); методический (разработка методики исследования, его плана, программы, методов обработки полученных результатов); собственно эксперимент - проведение серии опытов (создание экспериментальных ситуаций, наблюдение, управление опытом); аналитический - количественный и качественный анализ, интерпретация полученных фактов, формулирование выводов и практических рекомендаций. Результаты исследования и выводы. В статье раскрываются вопросы инновационного (электронного) управления образовательным учреждением. Экспериментально обоснована необходимость и рассмотрена организационная возможность введения в систему управления образовательным учреждением физической культуры и спорта унифицированной электронной системы оценки знаний студентов и уровня компетенций работников в соответствии с требованиями профессионального стандарта и учебным планом данной программы, дидактической основой которой является инновационно-синергетическая система управления, влекущая изменения не только в рамках коридора допустимых функциями гомеостаза, но и за счет процессов самоорганизации в образовательном пространстве образовательной организации.