Университеты России находятся в процессе динамической трансформации научного и образовательного процессов, структур и систем управления. Эти изменения происходят с разной скоростью и глубиной преобразований, допускают возможность как позитивных, так и негативных сценариев трансформации. Общим трендом развития системы управления вузом в стране, как и во всём мире, является менеджериализация, создающая свои риски в сфере трансформации университета. Целью статьи было, опираясь на методологию анализа организационных систем Г. Минцберга и концепцию «чёрных лебедей» Н. Талеба, проанализировать деградационные сценарии развития систем управления университетом, выявить факторы и предпосылки таких сценариев и их последствия для вузов.