Эффективность генерации научных знаний в условиях новой экономики приобретает критическое значение для функционирования экономической системы. Университет является основным «производителем» научных знаний и ключевым актором экономической трансформации на каждом уровне анализа (страна, регион, город). Существует множество моделей анализа влияния университетов на региональную экономику. Цель работы состоит в выработке единого инструментария анализа влияния университетов на региональные экономические системы на основе достижений институциональной экономической теории. Методологической основой работы служит модель институциональной конфигурации генерации знаний. Чтобы избежать искусственного разрыва субъектно-объектной связи, проблема анализируется на основе методологического единства субъектов, стейкхолдеров и институтов, а также их взаимосвязей с окружающей средой (географической, политической, социальной, экономической, культурной). Авторы предлагают оригинальную типологию институтов генерации знаний университетами на основе популярной модели корпоративного менеджмента знаний SECI. С помощью данной модели были идентифицированы институты социализации, экстернализации, комбинации и интернализации знания. Был сформулирован ряд показателей, которые могут использоваться для целей индикативного планирования и статистического анализа. Результаты работы могут применяться для проведения дальнейших теоретических и прикладных исследований в области анализа региональных систем высшего образования. Кроме того, модель представляет потенциальный интерес для чиновников в части разработки региональной и национальной образовательной политики.