Цель исследовательской статьи - разработка методологического подхода к оценке научной результативности университетов на основе инструментария институциональной экономической теории. Новизна работы заключается в том, что авторская методика количественной оценки научной результативности университетов, в отличие от известных, позволяет выявить проблемы институционального обеспечения научной деятельности. В ходе исследования применялись методы системного, логического и экономического анализа, при обработке эмпирической информации использовались методы статистического анализа, корреляционного анализа. В результате исследования были идентифицированы институты научной результативности университета, предложены критерии эффективности этих институтов. Университеты Уральского федерального округа были сгруппированы по параметрам качества институтов научной результативности (в т. ч. наличию эффективных институтов, институциональных ловушек, институциональных дисфункций).