В статье рассматривается система внутреннего контроля, как основного элемента организации конкурентоспособного, перспективного вуза. Университеты находятся на пути модернизации, адаптации своей деятельности. Для эффективного осуществления данного процесса, вузам необходимо продуктивно оценивать систему внутреннего контроля. Для формирования доказательной базы о необходимости пересмотра роли системы внутреннего контроля было проведено два исследования, а именно одно было направлено на изучение методик оценки системы внутреннего контроля, другое доказывало эффективность оценки современными методами, так как включало пример оценки системы внутреннего контроля. В теоретической части работы проводился анализ толкования термина «Система внутреннего контроля» для формирования более четкого понимания проблематики. В практической части проводился анализ качественных, количественных и смежных методик оценок системы внутреннего контроля. На основании данного исследования определялись тенденции, выводы относительно эффективности, потенциала, надежности рассмотренных методик, возможности их совместной работы, а также были сформированы рекомендации по возможным оценкам системы внутреннего контроля. Завершительной частью анализа был пример оценки эффективности системы внутреннего контроля, объектом исследования выступал ФГАОУ ВО «УрФУ имени первого Президента России Б.Н. Ельцина», как один из крупнейших вузов Российской Федерации.