В статье рассматриваются проблемы проектирования модульной структуры основной образовательной программы (ООП). Особое внимание уделяется обсуждению сущности модульного принципа в проектировании ООП. Обоснована необходимость параллельной взаимосогласованной разработки содержательной и организационной (учебный план) составляющих ООП. Предложен механизм проектирования учебного плана (УП) с модульной структурой как алгоритм преобразования существующего дисциплинарного УП в УП с модульной структурой на примере направления подготовки 230400.62 информационные системы и технологии. Подробно излагается способ построения модуля ООП из совокупности традиционных учебных дисциплин по критериям: совпадение соотнесенных компетенций из ФГОС, сходство объектов прикладных задач и др. Методология подхода к рассматриваемому вопросу позволяет использовать предложенный механизм для любого направления подготовки в любом высшем учебном заведении.