Проведен ab initio расчет кристаллической структуры и фононного спектра кристаллов Cs2NaYbF6 и Cs2NaYF6 со структурой эльпасолита. Определены частоты и типы фундаментальных колебаний. Расчеты проведены в рамках теории функционала плотности методом молекулярных орбиталей с использованием гибридных функционалов в программе CRYSTAL09, предназначенной для моделирования периодических структур. Внешние 5s- и 5p-оболочки редкоземельного иона были описаны посредством базисных наборов гауссова типа. Влияние внутренних оболочек, по 4f включительно, на внешние, описывалось с помощью псевдопотенциала. Показано, что такой подход позволяет описывать фононный спектр с учетом расщепления продольных и поперечных оптических мод.