Методами морфологического и AFLP анализов изучено генетическое разнообразие в популяциях четырех видов тюльпанов (Tulipa biebersteiniana, T. patens, T. scythica и T. riparia) из Волгоградской, Курганской, Оренбургской, Челябинской областей и Республики Башкортостан. Проведен морфологический анализ по семи количественным и двум качественным признакам. Использованы три пары селективных праймеров EcoRI /MseI. Выявлено 87 локусов, по которым был генотипирован 81 образец тюльпанов из 13 популяций. У всех видов выявлен низкий уровень изменчивости по AFLP локусам: T. biebersteiniana (Р = 20.41%, UHe = 0.075), T. patens (26.97%, 0.082), T. scythica (27.53%, 0.086), T. riparia (27.72%, 0.096). По результатам AMOVA доля изменчивости, которая приходится на различия между видами тюльпанов, значительно ниже (FCT = 0.235), чем между популяциями внутри видов (FST = 0.439). По результатам определения расстояний Неи, ординации и анализа в программе STRUCTURE хорошо дифференцированным видом является T. patens. Анализ в STRUCTURE позволил выявить четыре генетические группы, которые частично не совпадают с анализируемыми видами, что подтверждает наличие сложных генетических процессов в популяциях тюльпанов.