В статье предложен подход к анализу роли университетов в социально-экономическом пространстве города, позволяющий выявить специфику феномена университетского города в современной России. Методологической основой исследования стала теория функциональной специализации сложно организованных пространственных систем. Для решения конкретных исследовательских задач использованы методы компаративного, эволюционного и экономико-статистического анализа. В ходе исследования выявлена специфика пространственного размещения университетов в Европе, США и России; обоснован выбор Томска, Новосибирска и Екатеринбурга в качестве полигона исследования. Предложена методика исследования роли вузов в социально-экономическом пространстве города, включающая совокупность расчётных экономико-статистических показателей, анализ сложившейся практики репрезентации города как научно-образовательного центра в документах стратегического управления, интегральную интерпретацию полученных результатов. Анализ ведущих научно-образовательных центров России - Екатеринбурга, Новосибирска и Томска - показал, что ни в одном городе анализируемой совокупности доля вузовского сектора в численности занятых и населении города не достигает критического показателя 20%, позволяющего говорить о преобладании данной функции. Вместе с тем, экономическое доминирование томских университетов (совокупный доход томских вузов превышает бюджет города, что является уникальным для России) стало основой для позиционирования города как «студенческой столицы» страны. Екатеринбург и Новосибирск, превышающие Томск по абсолютным показателям, таким как количество вузов, общая численность студентов в городе, уступают в сфере символической репрезентации. Сделан вывод о том, что в силу специфики генезиса и эволюции феномен университетского города в России наполняется новым содержанием, отражающим многообразие взаимоотношений крупного города и сложной, иерархически организованной системы вузов, действующих в социально-экономическом пространстве общей территории присутствия.