Обсуждается применение метода молекулярной динамики, основанного на использовании парных межатомных потенциалов, для исследования различных деформационных процессов, протекающих при структурных и фазовых (мартенситных) превращениях в металлических моно- и поликристаллах. Показано, что метод молекулярной динамики в двумерной модели позволяет на качественном уровне анализировать процессы зернограничного проскальзывания и другие механизмы пластической деформации в поликристаллах, а также является эффективным инструментом для описания бездиффузионных мартенситных превращений в металлических материалах. В качестве примера представлено использование метода для моделирования зернограничного проскальзывания в поликристалле с неравновесными границами зерен и на атомарном уровне продемонстрированы механизмы преодоления стопора в виде выступающего участка зерна. На примере сплавов никелида титана и марганца продемонстрировано применение метода для описания динамики и морфологии термоупругого мартенситного превращения.