Одной из основных сфер деятельности современного университета является группа процессов, связанных с научными исследованиями и инновациями. Концепция «Университет 4.0», согласно которой современный вуз - это центр пространства внедрения инноваций и развития территорий, предусматривает повышенные требования к качеству менеджмента университета. На основе методов моделирования, анализа, синтеза исследована существующая система поддержки принятия управленческих решений в вузе. В ходе исследования разработана комплексная система поддержки принятия управленческих решений при управлении бизнес-процессом «Наука и инновации», включающая модель управления университетом с разделением процедур управления и администрирования, методику оценки экономической эффективности инновационных проектов, информационную систему поддержки принятия управленческих решений. Разработанная система поддержки принятия управленческих решений прошла апробацию в вузе при управлении бизнес-процессом «Наука и инновации», доказав ее эффективность. Предложено создать единую межотраслевую информационно-управляющую платформу «Наука - производство - эксплуатация».