В текущих экономических условиях проблема поиска новых путей повышения эффективности инновационной деятельности крупных корпоративных структур приобрела еще большую актуальность. Целью работы является разработка системы мотивации сотрудников государственно-частных партнерств (ГЧП), реализующих новаторскую деятельность, а также алгоритма оценки эффективности мотивирования работников. Апробация результатов исследования показала, что система мотивации оказывает максимальное влияние на достижение стратегических целей субъектов ГЧП, связанных с переходом на инновационный путь развития. Данный механизм применим в деятельности любых крупных корпорациях, в том числе с государственным участием. Предложенная и обоснованная система комплексного мотивирования сотрудников, реализующих деятельность в рамках государственно-частного партнерства г. Екатеринбург, будет полезна как органам государственной власти Свердловской области, так и частному бизнесу.