Предмет. В условиях модернизации российской экономики проблема поиска новых путей повышения эффективности инновационной деятельности крупных корпоративных структур приобрела еще большую актуальность. Цели. Целью авторского исследования является разработка системы мотивации сотрудников государственно-частных партнерств, реализующих новаторскую деятельность, а также алгоритма оценки эффективности мотивирования работников корпоративных структур. Методология. С помощью экономико-математических методов проанализированы различные аспекты мотивации инновационной деятельности работников в рамках государственно-частного партнерства. Результаты. Результатом исследования является разработка модели и методики комплексной системы мотивирования работников корпоративных структур в составе государственно-частного партнерства к новаторской деятельности, методика расчета вознаграждения, направленного на мотивирование работников к разработке способов усовершенствования деятельности партнерства, а также методика расчета ежегодного поощрительного вознаграждения авторам рационализаторского предложения. Апробация предложенных мероприятий показала, что система мотивации оказывает максимальное влияние на достижение стратегических целей субъектов государственно-частного партнерства, связанных с переходом на инновационный путь развития. Этот механизм применим в деятельности любых крупных корпораций, в том числе с государственным участием. Предложенная и обоснованная система комплексного мотивирования сотрудников может быть полезна органам государственной власти Свердловской области и частному бизнесу. Выводы. В условиях финансового кризиса и экономических санкций реализация апробированной авторской методики позволит получить дополнительную прибыль от реализации партнерством инновационной деятельности либо экономию вследствие повышения качества выпускаемого продукта или выполняемых работ.